Archipelag składa się z czterech głównych wysp: Hokkaido, Honsiu, Sikoku i Kiusiu (97% obszaru lądowego) oraz 6848 mniejszych wysp. Według danych z 2006 r. łączna powierzchnia kraju wynosi 377 921 km². Większość powierzchni jest pokryta górami. Najwyższym szczytem jest czynny wulkan Fudżi (3776 m). Z tego powodu prawie połowa ludności zamieszkuje nadmorski pas nizin rozciągający się pomiędzy Tokio a Osaką i Nagoją. Tam też rozwijało się rolnictwo i przemysł. Obszar ten stanowi 13% terytorium kraju.
Japonia jest położona na styku płyt tektonicznych, w obrębie „ognistego pierścienia Pacyfiku”. Stałym więc zagrożeniem są trzęsienia ziemi, wybuchy wulkanów i fale tsunami. Stąd wynikają różnice danych podających liczbę wysp i odmienną wielkość powierzchni kraju. W sierpniu i wrześniu nad archipelag nadchodzą tajfuny powstające na zachodnim Pacyfiku.
Z liczbą ludności 126,5 mln osób Japonia zajmuje 10. miejsce na świecie. Według danych ONZ i WHO, przeciętna długość życia jest najwyższa w świecie. Japonia należy do grupy krajów wysoko rozwiniętych, jest jedną z czołowych potęg gospodarczych świata.
Zgodnie z przyjętą w 1947 r. demokratyczną konstytucją, Japonia jest monarchią parlamentarną z cesarzem jako symbolem jedności państwa i wybieranym w wyborach powszechnych dwuizbowym parlamentem.